GelCompar II 是一个专门针对一维电泳图谱进行分析和处理，并在此基础上进行亲缘关系、聚类分析、数理统计分析及鉴定的标准软件包。

它包含以下功能模块：

GelCompar Basic Software:

凝胶图像的处理和归一化：包含峰的标准化和峰的搜索功能。分子量计算和峰的定量；条带匹配和多态性分析。

Tree and Network Inference: 

基于UPGMA、Single Linkage、Complete Linkage、Neighbor Joining、Ward和Parsimony等统计学方法进行聚类分析，并可以显示进化树上的错误聚类和重要的分支。

Identification and Library Manager:

基于库和统计学方法对未知样品进行鉴定的工具。

Dimensioning Techniques:

包含PCA和MDS方法的多维技术，可以产生散点图和图表等各种形式的输出文件。

Database Sharing Tools:

能生成以Oracle、Microsoft  Access和SQL为Server的数据库，并可以和BioNumerics的Serve实现数据共享。