EDI主机膜堆的清洗分为物理清洗、化学清洗和生物清洗三种方式。物理清洗是利用高速的水或汽水混合体快速冲洗膜表面，这种方法具有不造成二次污染，清洗步骤简单等特点，但此法对污染初期的膜有效，清洗效果不能持久。化学清洗是通过配置对应的化学药剂对膜堆循环运行清洗，此法能快速清除膜堆污垢，迅速恢复膜通量。生物清洗是借助微生物、酶等生物活性剂的生物活动去除膜表面及膜内部的污染物。

　　1.物理清洗方法

　　常见的物理清洗方法通常有低压高流速清洗（低压力高流量），低压高流速清洗即在较低的操作压力下尽可能地加大膜面流速流速，使得溶质分子在膜面停留的概率降低，另一方面减料液与膜面之间的浓差极化。反向清洗即通过在膜的透过液一侧施加压力，使透过液反向透过膜。此法一方面可以冲掉堵塞在膜孔内的污染物，另一方面对料液侧膜表面的附着层也有着一定的冲洗作用。

　　2.化学清洗方法

　　EDI装置膜堆在实际运行中，对于污染严重的膜，仅靠物理清洗很难使膜通量*恢复，必须借助于化学清洗。化学清洗剂的选择应根据膜污染物的类型，污染程度以及膜的物理化学物特性来进行，清洗剂可单独使用，也可复合使用。

　　3.生物清洗方法

　　这类方法又可分为两类：一类类似于化学清洗方法，使用清洗剂清洗，所不同的是此类清洗剂具有生物活性，另一类是将生物剂固定，通过特殊方法固定在膜上，使膜具有抗污染的性能。

　　上述三种清洗方法，在实际操作中，前2种使用的较多。为使超纯水设备EDI模块稳定的运行，需定期对膜堆进行清洗。