液体处理专家如何自动化、标准化捕获测序文库制备
- 发布时间：2020/10/12 14:26:16
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目标区域捕获测序技术，是根据已知特定基因组区域序列设计寡核苷酸探针，通过杂交将目标区域捕获富集进行二代测序。其针对目标区域深度测序，增加了检查灵敏度和准确性。既满足研究需求，又降低测序成本，在科研、临床中均备受关注。
液体处理专家贝克曼库尔特推出Biomek 自动化捕获测序方案，帮助您实现自动化、标准化的捕获测序。 由自动化工作站进行基因捕获，可以减少手工操作时间，提高工作效率，增加结果的重复性和均一性。 Biomek工作站可实现从核酸提取，文库构建，定量混样到捕获的整体实验流程。
Figure 1. 捕获测序文库构建自动化流程
由Biomek成功自动化的杂交捕获试剂盒：
Agilent HaloPlex™ Target Enrichment - Ion Torrent Agilent SureSelect XT® Epicentre ScriptSeq® Complete Gold Low Input Illumina Nextera® Rapid Capture Illumina TruSeq® Exome Illumina TruSeq® Rapid Exome Illumina TruSight® Cancer Illumina TruSight® Tumor 15 Illumina TruSight® Tumor 170 IDT xGen® Exome Research Panel NEB NEBNext Direct™ Cancer HotSpot Panel Roche Nimblegen SeqCap EZ® for Illumina NGSBiomek自动化捕获测序数据展示
Figure 2. IDT xGen® Exome Research Panel试剂盒捕获测序文库制备。
上图： 片段分析，其中主峰1和2为杂交捕获后cfDNA目标片段峰；
下图：Qubit Fluorometric Quantification核酸定量结果。
Figure 3. IDT xGen®杂交捕获试剂盒历史手工数据vs.
Biomek i7自动化工作站完成数据。A. 平均中靶率，B. 重复率，C. 覆盖度，D. GC偏移。
Biomek向导式软件操作界面
在软件操作界面上用户可以选择样本数量，是否使用台面整合的PCR仪，以及运行工作流程的哪个部分。此外，具备台面自动校对功能，当操作人员完成耗材摆放后，工作站可根据摄像头拍摄，自动判定耗材摆放是否正确，对错误摆放位置进行提示。避免由于人为摆放耗材错误，导致设备碰撞或试剂、时间损失。
Figure 4. 向导式软件操作，IDT xGen® 杂交捕获试剂盒方法选择界面。
Biomek自动化捕获测序——实践速度与通量的飞跃
Figure 5. 完成 24/48/96个样本的自动化IDT xGen®杂交捕获测序文库制备预估耗时。