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将显微成像由计算机进行处理、编辑、保存和输出，或进入多媒体系统及电子信箱。并由显微图像分析系统软件对采集的实物立体影像作实时处理、分析、检测、统计及输出图文报告。

显微图像分析系统（Mifas软件）：系统用途广泛和功能强大，覆盖图像定量分析的几乎所有应用领域，凡是与图像形态学有关的各种检测与分析，如组织细胞形态学；油、水、血中成份含量；微颗粒、纤维、表面缺陷、污染物含量、农业种子筛选等的各种检测、分析、统计及输出图文报告…等，都可以完成。

显微图像测量系统（选配MV1.0软件）：对来自于显微镜的实物图形，自动在活动图像上叠加十字、网格、同心圆等电子标尺，同时以软件的测量程序进行测量数据的实时处理，显示并打印实物图片及标注的测量结果，保存测试图样及生成测试报告。