在RO系统表现出污染的倾向、长时间停运之前，建议进行操作。当出现下列污染特征(标准化后产水量下降10~15%，标准化后产水水质下降10~15%，或者给水与浓水间的压降增加10~15%)时，表明该RO膜已经到了需要清洗的时候了。

    由于RO膜出现污垢而需要清洗的频率随地点的不同而发生变化，从一般习惯方面来说可接受的清洗频率是3~12个月一次。如果每个月不得不清洗一次以上，那么就需要改善RO的预处理系统，调整RO系统的运行参数，如果每1~3个月需要清洗一次，则需要在提高当前设备的运行水平上做调试工作，但是否需要改进预处理系统还很难判断。

    在RO设计当中通常会忽视使用RO产品水冲洗系统中的污垢，采用该法可有效减少RO的清洗次数。在设备停运期间用产品水浸泡RO膜组件有助于溶解垢和松散沉积物，因此来降低化学清洗的频度。

    有许多因素与选择合适的清洗化学药品和正确的清洗方法都有着直接的。一旦辨明污染的种类之后，强烈建议采用一种或多种的清洗药品。有一些清洗液中还添加了洗涤药剂，这将会有助于清除污染严重的生物和有机杂质。其它的清洗添加有象EDTA之类的螯合剂，这些螯合剂有助于清除胶体、有机物、生物杂质和硫酸盐垢等杂质元素。如果选用不正确的清洗药品或清洗步骤不正确，就有可能会加重膜的污堵情况。