在正常情况下，色谱柱至少可以使用3—6个月，能完成数百次以上的分离。但是，若操作不慎，将使色谱柱很易损坏而不能使用。因此为了保持柱效、柱容量及渗透性，必须对色谱柱进行仔细地保养。　　

　　1．色谱柱极易被微小的颗粒杂质培塞，使操作压力速升高而无法使用，因此必须将流动相仔细地蒸馏或用0.45μm孔径的滤膜过滤。在流动相组贮槽与色谱柱间，安装0.45μm孔径的过滤器。在柱子上端接头处装上多孔过滤片，以防止固体颗粒进入色谱柱中。在水溶液流动相中，细菌容易生长，可能堵塞筛板加入0.01％NoHa能防止能防止细菌生长。

　　2．使用进祥阀进样，以防止注射器进样时、注射隔膜碎屑堵塞柱子入口。　

　　3．对硅胶基键合相填科，水溶液流动相的PH值不得超出2—8．5的范围，使温度不宜过高。柱子在酸性或碱性条件下使用之后，。应依次用水、甲醇清洗，对暂时不用而需要较长时间保存的柱子，要用纯甲清洗，柱子两端用金属螺帽封闭，保存于干净的有机溶剂中。

　　4．要防止色谱柱被振动或撞击，否则柱内填料床层产生裂缝和空隙，会使色谱峰出现“驼峰”或“对峰”。　　

　　5．要防止流动相逆向流动，否则将使固定相层位移，柱效下降。　　

　　6．使用保护柱。连续注射含有未被洗脱样品时，会使柱效下降，保留值改变。为了延长柱寿命，在进样阀和分析柱间加上保护柱，其长度一般为3—5cm，填充与分析柱性质相似的表面多孔型固定相，因此可干法填装。而且价廉、更换容易。实验表明，使用保护柱后，除了使扩为零的组分的塔板数减少外，其柱效下降很少。