脱气机的使用非常简单，基本都是开了电源就自动工作。它本身有自己的一套工作流程，以保证真空腔内保持一定的真空度，持续对流动相进行脱气。但是有时候如果操作不当，也可能造成脱气机问题。比如，一定要在使用后，把脱气机内缓冲盐冲洗干净，然后用99%的甲醇或者乙腈充满。如果水或者缓冲盐在脱气机管路里面停留一段时间，就有可能有盐析出或者真菌的生长，造成脱气机管路的孔道堵塞。后果是脱气机仍然在工作，但是由于气体分子无法通过孔径到真空腔中，流动相的脱气效果会大打折扣。

　　脱气的作用是为了除去流动相中溶解的气体，所以我们就得从气体开始说：

　　怎么才能让在线脱气机高效的运行，办法就是“帮它一把”，其实就是预先对流动相进行一下脱气了，流动相配好之后，现在超声波清洗机里脱气几分钟，能大幅度减少脱气机的工作负担，因为脱气机的脱气效率是一定的，如果溶液里溶解的气体超过了脱气机能处理的值(尤其是在高流速的情况下)，气体就除不干净了，那时候就可能在混合的时候出现气泡影响仪器压力波动和噪音了。

　　在线脱气机除了怕脱不干净之外，还怕堵，脱气机会堵么?通常不会，不过，在经过一个长假之后，就不好说了，堵掉脱气机的罪魁祸首，还是流动相里的微生物，细菌藻类，如果他们跟着流动相停留在脱气机里，过上几天一个礼拜，很可能就发展成规模了，那样脱气机的管道里可能就布满了“水藻”然后就堵住了，所以，脱气机要特别注意的是，在长时间不使用仪器的时候，比如国庆节假期，一定要把水相管路中的溶液都替换成甲醇，防止“长草”，乙腈也是不推荐的，因为会“聚合”。