毛细管电泳系统是近几年发展起来的一种全新的分离分析技术，它是凝胶电泳技术的发展，是高效液相色谱分析的补充。该系统可分析的成分小至有机离子、大至生物大分子如蛋白质、核酸等。可用于分析多种体液样本如血清或血浆、尿、脑脊液及唾液等，HPLC分析高效、快速、微量。

　　毛细管电泳系统是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离的仪器，是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展。使分析科学从微升级进入到纳升级，应用十分广泛。

　　毛细管电泳系统的工作原理：

　　毛细管电泳是一种在空芯的、极微小内径的毛细管中进行的液-液相大、小分子的高效蛋白分离技术。

　　毛细管两端分别浸入缓冲液中，而缓冲液中分别插入连有高压电源的电极，根据被分离物之间电荷和体积的不同，带电荷分子朝相反极性的电极方向移动。又利用毛细管内壁上的电荷和应用的势能而引起的电解质移动，毛细管内表面带有硅羟基基团，当毛细管内充满缓冲溶液时，毛细管壁上的硅羟基发生解离，生成氢离子溶解在溶液中，这样就使毛细管壁上形成双电层，管壁是负电荷层，溶液是正电荷层。

　　在毛细管的两端加上直流电场后，带正电的溶液就会整体向负移动，形成了电渗流。无论是带正电、带负电或不带电的粒子，都在电渗流的作用下，向阴极迁移，带正电的，受到同方向的电场力作用，迁移，不带电的迁移速度次之，带负电的迁移速度慢，(因为它受到与电渗流反方向的电场力作用)，从而实现各蛋白组分的分离。

　　毛细管电泳系统基本操作模式一般采用磷酸盐或硼酸盐缓冲液，实验条件包括缓冲液浓度、pH值、电压、温度、改性剂(乙腈、甲醇等)，用于对带电物质(药物、蛋白质、肽类等)分离分析，对于中性物质无法实现分离。毛细管胶束电动色谱(MECC)为一种基于胶束增溶和电动迁移的新型液体色谱，在缓冲液中加入离子型表面活性剂作为胶束剂，利用溶质分子在水相和胶束相分配的差异进行分离，拓宽了CZE的应用范围，适合于中性物质的分离，亦可区别手性化合物，可用于氨基酸、肽类、小分子物质、手性物质、药物样品及体液样品的分析。