液相色谱仪在水环境监测中的应用主要分为三个方面：一是对传统监测项目指标的监测；二是针对水体中的有机物进行监测；三是利用其分离的技术特点在对水体中污染物质总量监测的基础之上对不同污染物进行分类定量监测。
　　一般来说，对传统污染物的监测主要是针对日常水体中常见污染物的重点监测。根据国家的相关要求及其本站的实际监测条件，对水体中主要污染物的监测包括了重金属元素铜、锌、砷、汞、镉、铬等、营养元素氮、磷、钾等、特殊元素硒、氯、硫等。
　　在传统的污染物的基础之上一些特殊的物质会对水体造成一定的有机物污染，在针对有机物的污染监测过程中，传统的监测方法已经达到要求。在此方面应用液相色谱仪在对有机物进行定型的同时进行定量的监测。主要监测的项目包括工业有机污染物、农业有机物、其他有机物。针对如上的有机物监测一方面能够对水体中有机污染现状进行评价，另一方面可以鉴别污染物种类进而对排查污染源提供一定的帮助。
    如果要再一步，那就要做定类和定量分析了，采用液相色谱仪能够同时监测同种元素的不同价态，进而对水体的污染物及其毒性进行更好的分析，为后续的环境评价与治理奠定基础。