集菌仪是通过定向蠕动加压原理，使供试品中微生物截留在滤器中的微孔滤膜0.22µm*47mm或0.45µm*47mm上，通过冲洗滤膜除去抑菌成分，然后把所需的培养基通过进样管道直接引入全封闭过滤集菌培养器中，放置在培养箱内进行无菌培养。
1、首先取出我们配套使用的一次性培养器先检查包装是否完好无损，在无菌室内打开包装。
2、然后将一次性培养器逐个插放在不锈钢排液槽上（仪器上的几个小孔，每个孔安放一个培养皿即可）。
3、将一次性培养器的弹性软管装入集菌仪的蠕动泵头，集菌仪要求定位准确，软管走势顺畅。
4、打开待检供试品瓶（袋）的插针孔并做环形消毒，（若检测安瓶样品，先将安瓶颈部做环形消毒，然后再打开）将样品瓶（袋）定位。
5、拔去进样针管护套，针头和供试品瓶口过酒精灯火焰消毒，插入样品瓶中，开启智能集菌仪，将供试品瓶倒置，实施过滤集菌（应避免双芯针管进气滤膜被药液浸湿，影响进气；若样品为袋装不存在该问题）重复操作每个样品的过滤程序。