SURESELECTXT HS 靶向序列捕获
 

SURESELECTXT HS
 

　　什么是SURESELECTXT HS？
 

　　SureSelectXT HS 试剂盒作为安捷伦灵敏度高的杂交捕获型文库制备和 用于 NGS 的靶向序列捕获解决方案，成为了 SureSelect 文库制备试剂 家族中的成员。
 

　　----------------------------------------------主要特征---------------------------------------
 

　　• DNA 起始量10 ng
 

　　• 针对高质量完整 DNA 以及低质量和高质量 FFPE DNA进行了优化
 

　　• 分子条形码 (MBC) 标记文库可提高阳性预测值 (PPV)
 

　　• 复杂度更高的文库，在靶标区域中的读出序列百分比更高
 

　　•90 分钟杂交和反应预混试剂，实现更快速更高效的工作流程
 

　　针对 FFPE 优化
 

　　FFPE 优化文库制备的重要性
 

　　尽管 FFPE 样品为多种遗传信息提供了有价值的来源，但从 FFPE 组织中分离 DNA 的难题 在于纯化足够分子量的 DNA 以及达到一定的扩增和检测质量。通常而言，当 FFPE DNA 制备出来用于文库生成时，其降解程度已过高而无法用于高灵敏度的 NGS。因此，有 必要通过优化文库制备与尽量减少步骤数降低样品损失，并从挑战性样品类型中获得 高质量文库。
 

　　针对 FFPE 优化的安捷伦文库制备
 

　　对于新鲜样品与 FFPE 样品中的多种组织类型，SureSelectXT HS 仅用 10-200 ng 起始原料即 可生成靶标区域读出序列百分比较高的更复杂文库。为改善不同质量 FFPE 样品单核苷 酸变异 (SNV) 的识别和一致性，安捷伦已开发出一款完整的工作流程解决方案，该方 案具有 DNA 质量预评估(FFPE QC 试剂盒，部件号 G9700A 和 G9700B 以及 4200 TapeStation 系统)和单管文库制备功能。
 

　　图 1. SureSelectXT HS 已针对 FFPE 进行了性能优化，在质量逐渐降低的样品中多数碱基覆盖率达到了 20X。 将测序深度越来越高的 20X 以上读取深度覆盖(4 百万到 8 百万 - 2×100 bp 读出序列)的碱基百分比相对于 gDNA 质量(基于 qPCR 的 gDNA 质量 (ddCq)，并用安捷伦 FFPE QC 检测试剂盒进行计算)作图
 

　　图 2. SureSelectXT HS 在 100X 覆盖率下优于其他文库制备解决方案，尤其是在样品质量下降时：根据 8 百万 - 2×100 bp 读出序列的 1000X 测序深度，将 100X 以上读取深度覆盖的碱基百分比相对于质量越来越低的 gDNA (基于 qPCR 的 gDNA 质量 (ddCq)，并用安捷伦 FFPE QC 检测试剂盒进行计算)作图
 

　　高灵敏度
 

　　高灵敏度的重要性
 

　　灵敏度指的是得到正确鉴定的真实变异的百分比。在大多数情况下，灵敏度受到起始 量、检测性能以及 PCR 与测序错误率的限制。因此，传统 NGS 检测的错误水平通常会 由于肿瘤异质性而影响低频变异的检测可信度。
 

　　SureSelectXT HS 的出色灵敏度
 

　　SureSelectXT HS 中包括的分子条形码可帮助用户在文库制备、靶向序列捕获和测序等可能 产生假阳性变异的过程中过滤出假阳性结果。SureSelectXT HS 中的分子条形码对罕见变异的检测频率低至 ≤ 1%。多数用户采用置信阈值且仅对等 位基因频率高于 3%-5% 的变异进行识别，因此这一性能十分重要。
 

　　图 3. 等位基因频率低至 1% 时的检测结果。SureSelectXT HS 生成的文库在测序深度 3000X 时，即使在 VAF 频率低至 1% 时观测值和频率预计值之间也具有高度关联性(HD200 定量多重参考标样和 ClearSeq 综合癌症基因组合)
 

　　分子条形码
 

　　什么是分子条形码？
 

　　分子条形码是*的 DNA 序列，它附着在给定样品中的每个原始 DNA 上。这些独 特的 DNA 序列包含随机的核苷酸、部分简并核苷酸或核苷酸。分子条形码附着在 DNA 上，为每个起始分子分配*的识别码。
 

分子条形码为何如此重要？
 

　　PCR 扩增和测序过程中引入的错误提高了原始 DNA 模板的整体错误率。这些错误或假 阳性结果降低了样品中低水平真实突变的灵敏度。这个问题尤其容易发生在某些肿瘤 亚群等异质性更高的细胞群中。分子条形码通过消除假阳性结果并提供误差校正以实 现更准确的变异识别，帮助用户检测模板 DNA 分子中的低频突变。
 

　　图 4. 利用分子条形码 (MBC) 分析提高数据质量。对 Horizon cfDNA 参照和定制 164 kb SureSelect 基因组合构建的 SureSelectXT HS 文库进行靶向测序，在去冗余后达到了 808(标准)/906 (MBC) 的中等覆盖率。经过标准去冗余 后，在小于 2% 的变异等位基因频率下检测出 216 个非参照等位基因，而采用 MBC 得到的这一数字仅为 18。 这表明错误识别减少了 92%。数据结果由英国伦敦癌症研究所演化和癌症中心的 L.J. Barber 博士和 M. Gerlinger 博士提供
 

　　简化的工作流程
 

　　SureSelectXT HS 可减少单独酶法步骤、清除步骤和样品转移，使用户简化工作流程并维 持文库复杂度，在较低起始量(低至 10 ng)下更是如此。我们的 90 分钟杂交与更高效的反应预混试剂结合使用，可使用户 在一天内完成从样品处理到生成待测序文库的过程。此外，工作流程支持在一次混 合中对多 32 个样品进行深度多重测序。
 

优点
 

　　• 90 分钟杂交和反应预 混试剂有助于更快速 更高效地处理样品
 

　　• 在不到一天的时间内 将样品转化为待测序 文库
 

　　• Agilent SureCall 软件有 助于简化数据分析 简化的工作流程有助于加快分析速度
 

　　SureSelect 文库制备与靶向序列捕获解决方案
 

　　安捷伦公司具有多种文库制备和靶向序列捕获解决方案，适用于癌症和遗传性疾病应 用。无论 DNA 起始量低至 10 ng 或高达 3 µg，文库制备和靶向序列捕获解决方案均可与 ClearSeq 基因组合、SureSelect 外显子组或定制基因组合完美匹配。