【CNS前沿文献追踪】 – 调节DC细胞抗原提呈的mRNA甲基化读
时间：2020-11-10 阅读：302
此次整理分享的文章有意思，没有讲自己是怎么筛出的目标蛋白YTHDF1，上来就把小鼠这个蛋白敲了，看对肿瘤生长的影响，背后肯定是大量的工作，通过大量的工作锁定的这个目标。
作者发现敲除TFHDF1小鼠的肿瘤生长速度低于野生型小鼠
检测肿瘤浸润淋巴细胞发现：敲除YTHDF1后浸润到肿瘤部位的CD8 T和NK增加，MDSC减少，Treg不变
CD8 T和NK两种细胞浸润增加，那两者对抑制肿瘤生长的贡献如何呢？用抗体敲掉看看：敲掉CD8 T后YTHDF1缺陷引起的肿瘤生长减缓现象消失，而敲NK对肿瘤生长减缓无显著影响（此外敲掉YTHDF1不影响NK细胞的脱粒），暗示CD8 T在YTHDF1缺陷小鼠肿瘤免疫反应中发挥重要作用
详细分析CD8 T：前面用的是表达OVA的B16肿瘤细胞，发现敲除YTHDF1后OVA特异CD8 T比例升高
YTHDF1缺陷荷瘤小鼠的免疫细胞体外对肿瘤再刺激更加敏感，可分泌更多IFNγ
特异性敲掉T细胞上YTHDF1不影响T细胞的抑瘤作用，而前面又发现抗原特异T占比甚高，暗示YTHDF1通过其他细胞影响T细胞
YTHDF1缺陷小鼠的CD8 T对肿瘤的特异性提高，CD8 T受抗原提成细胞调控，而DC细胞是提呈抗原、“启动”CD8 T的主要细胞，开始看DC：敲掉YTHDF1的DC“启动”T
细胞，分泌IFNγ的能力增强
细胞，分泌IFNγ的能力增强
挖到了YTHDF1影响DC，开始详细分析敲除YTHDF1后DC细胞的变化：共刺激分子CD80/86表达、DC细胞亚群并未因YTHDF1缺失产生变化
敲除YTHDF1后DC细胞响应LPS分泌细胞因子的能力也未受影响
YTHDF1缺陷对DC激活、分化没有产生影响，检测DC吞噬发现吞噬功能也没受到影响，可提呈到细胞表面的抗原肽增加了，暗示YTHDF1缺陷后DC细胞抗原提呈能力增强
挖啊挖，挖出了YTHDF1引起DC的变化，那是DC这一变化改善的肿瘤免疫功能吗？特异性的敲除DC细胞上的YTHDF1后发现移植T细胞抑制肿瘤生长作用增强，暗示YTHDF1通过抑制抗原提呈影响肿瘤免疫，结合前面数据：YTHDF1缺陷后，DC细胞抗原提呈增加，促进了CD8 T发挥肿瘤免疫功能
YTHDF1是如何抑制DC的抗原提呈的呢？开始研究这个蛋白：YTHDF1是个结合到mRNA甲基化位点的蛋白，先用RIP-seq找YTHDF1结合的位点。进行了两次，重复性不错，YTHDF1主要结合到mRNA的两端
YTHDF1结合mRNA后会调控mRNA的翻译，所以进行了核糖体印迹，发现YTHDF1敲除DC细胞的YTHDF1结合基因翻译明显减少（a, b），但YTHDF1敲除不影响mRNA的甲基化（c）
从测序数据中挖掘YTHDF1调控的通路，发现YTHDF1主要调控溶酶体和自噬体通路（DC细胞中这些通路负责抗原的降解），敲除YTHDF1后组织蛋白酶的翻译受到抑制，暗示溶酶体组织蛋白酶是YTHDF1调控的主要靶点，YTHDF1以此影响抗原提呈
测序数据看到东西之后，实际验证发现YTHDF1缺陷小鼠DC细胞各型组织蛋白酶表达确实低于野生型
测序结合体内验证的数据暗示YTHDF1通过组织蛋白酶降解抗原，表达OVA的肿瘤细胞分别和野生型DC或YTHDF1缺陷型DC共培养后检测DC细胞内OVA，发现YTHDF1缺陷DC细胞内抗原含量更高，说明YTHDF1通过组织蛋白酶调节胞内抗原，影响DC抗原提呈功能
测序数据看到东西之后，实际验证发现YTHDF1缺陷小鼠DC细胞各型组织蛋白酶表达确实低于野生型
测序结合体内验证的数据暗示YTHDF1通过组织蛋白酶降解抗原，表达OVA的肿瘤细胞分别和野生型DC或YTHDF1缺陷型DC共培养后检测DC细胞内OVA，发现YTHDF1缺陷DC细胞内抗原含量更高，说明YTHDF1通过组织蛋白酶调节胞内抗原，影响DC抗原提呈功能
各种组织蛋白酶抑制剂处理的DC细胞诱导T细胞增殖、分泌IFNγ的能力增强
荷瘤小鼠给予组织蛋白酶抑制剂后肿瘤生长放缓，再结合上面数据：YTHDF1缺陷后组织蛋白酶含量下降，DC胞内抗原降解减少，诱导T细胞作用增强，抑制肿瘤生长
有个问题，YTHDF1缺陷后肿瘤PD-L1表达上调，但敲掉YTHDF1能显著增强PD-L1抗体的抑瘤作用
关于YTHDF1的作用都是在小鼠模型上发现的，在人的样品上看看，发现肿瘤部位YTHDF1的表达CD8 T的浸润量负相关 - 研究价值一下被放大
上次分享的关于NR4A的文章，作者是靠组学技术筛出来的，笔者很好奇的是这篇文章作者是如何把视线直接放到YTHDF1上的，做别的实验的偶然发现？对文献*的挖掘能力+肿瘤免疫这种热点的敏感？Dali Han, Jun Liu, Chuanyuan Chen, Lihui Dong, Yi Liu, et al. Anti-tumour immunity controlled through mRNA m6A methylation and YTHDF1 in dendritic cells [J]. Natre, 2019.
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