生态环境中心围绕“国家生态环境安全与可持续发展”战略定位，充分发挥生态环境中心环境科学、环境工程和生态学三大学科的综合优势，围绕国家环境保护与生态建设的重大科技需求和国际生态环境科学前沿，不断突破支撑国家生态安全、环境健康和可持续发展的重大科学理论与关键技术，为我国生态文明建设、环境治理与生态保护、实现人与自然的和谐发展做出基础性、战略性、前瞻性创新贡献，努力成为我国生态环境科学应用基础研究和技术创新基地、高级专门人才培养基地，国内、国际的生态环境综合性研究机构。