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运用DGGE搜寻未知突变
DGGE 是基于以下原理,即增加聚丙烯酰胺凝胶内变性剂的浓度会熔解双链DNA 的不同区域。当温度达到zui低熔解度区域的熔解温度Tm 时,DNA 部分熔解,在凝胶中形成迁移率下降的分支分子(Myers et al.1987)。在均一的运行温度(50—65°C)和尿素与甲酰胺线性变性梯度条件下即形成了变性环境。梯度以垂直或平行于电泳方向形成。DGGE 是zui灵敏的突变检测方法,其效率可达99%(Grompe 1993)。DCode 系统通过以下途径优化DGGE:
DGGE 的两种模式。A ,凝胶的变性梯度方向与电泳方向垂直。从原生乳腺癌种扩增的p53 基因6 号外显子的野生型和突变型等位基因通过垂直DGGE(80V,56°C,2 小时)分离。感谢AL Borresen, Radium Hospital, Oslo, Norway 提供的数据。B ,凝胶的变性梯度方向与电泳方向平行。p53 基因8 号外显子的野生型和突变型等位基因在8%丙烯酰胺:甲叉37.5:1 平行梯度(40–65% 变性剂)凝胶上,1 x TAE 缓冲液, 60°C,150 V,电泳2.5 个小时。左泳道,突变型等位基因;中,野生型等位基因;右,突变型与野生型等位基因。
DGGE分离示意图。所示为一个变性梯度方向与电泳方向垂直的凝胶,以及一个有单个熔解区域的目标序列。野生型和突变型样品加入到制备孔内。在低变性剂浓度时,DNA的片段为双链,但当浓度增加时双链DNA 开始熔解,形成分枝分子。到浓度非常高时,DNA的片段可熔解形成2条单链。
运用DGGE搜寻未知突变
DGGE 是基于以下原理,即增加聚丙烯酰胺凝胶内变性剂的浓度会熔解双链DNA 的不同区域。当温度达到zui低熔解度区域的熔解温度Tm 时,DNA 部分熔解,在凝胶中形成迁移率下降的分支分子(Myers et al.1987)。在均一的运行温度(50—65°C)和尿素与甲酰胺线性变性梯度条件下即形成了变性环境。梯度以垂直或平行于电泳方向形成。DGGE 是zui灵敏的突变检测方法,其效率可达99%(Grompe 1993)。DCode 系统通过以下途径优化DGGE:
DGGE 的两种模式。A ,凝胶的变性梯度方向与电泳方向垂直。从原生乳腺癌种扩增的p53 基因6 号外显子的野生型和突变型等位基因通过垂直DGGE(80V,56°C,2 小时)分离。感谢AL Borresen, Radium Hospital, Oslo, Norway 提供的数据。B ,凝胶的变性梯度方向与电泳方向平行。p53 基因8 号外显子的野生型和突变型等位基因在8%丙烯酰胺:甲叉37.5:1 平行梯度(40–65% 变性剂)凝胶上,1 x TAE 缓冲液, 60°C,150 V,电泳2.5 个小时。左泳道,突变型等位基因;中,野生型等位基因;右,突变型与野生型等位基因。
DGGE分离示意图。所示为一个变性梯度方向与电泳方向垂直的凝胶,以及一个有单个熔解区域的目标序列。野生型和突变型样品加入到制备孔内。在低变性剂浓度时,DNA的片段为双链,但当浓度增加时双链DNA 开始熔解,形成分枝分子。到浓度非常高时,DNA的片段可熔解形成2条单链。