试剂准备区：

仪器设备主要有加样器、冰箱、天平、低速离心机、混匀器、可移动紫外灯等。可使用超净工作台作为试剂配制操作台面。

标本制备区：

仪器设备主要应有生物安全柜（选用B2 ，可避免提取核酸在柜内反复循环，造成标本间交叉“污染”，出现假阳性结果。此外还应配备加样器、台式高速离心机（冷冻及常温）、台式低速离心机、恒温设备（水浴和/或干浴仪）、冰箱、混匀器和可移动紫外灯等。

扩增区：

主要仪器及时核酸扩增热循环仪（PCR仪，实时荧光或普通的）。热循环仪的电源应，并配备一个稳压电源或UPS，以防止由于电压的波动对扩增测定的影响。此外，根据工作需要，还可配备加样器、超净台等。

产物分析区：

本区所使用的仪器设备可能有加样器、电泳仪（槽）、电转印仪、杂交炉火杂交箱、水浴箱、DNA测序仪、酶标仪和洗板机等。

在理想情况下，PCR实验室试剂准备、标本制备、扩增三个区域可设置缓冲间。在缓冲间内，可设置正压，是室内空气不流向室外，室外空气不流向室内。