由于实验、生产的波动，反渗透设备不可避免地需要停运，短期或长期停用时必须采取保护措施，不适当地处理会导致膜性能下降且不可恢复。
短期保护适用于停运XX天以下的系统，可采用每X～X天低压冲洗的方法来保护反渗透设备。实践发现，水温XX℃以上时，反渗透设备中的水存放X天就会发臭变质，有大量细菌繁殖。因此，建议水温高于XX℃时，每X天或X天低压冲洗一次，水温低于XX℃时，可以每X天低压冲洗一次，每次冲洗完后需关闭净水设备反渗透装置上所有进出口阀门。
长期停用保护适用于停运XX天以上的系统，这时必须用保护液(杀菌剂)充入净水设备反渗透装置进行保护。常用杀菌剂配方(复合膜)为XXXXX。
反渗透膜化学清洗
在正常运行条件下，反渗透膜也可能被无机污垢、胶体、微生物、金属氧化物等污染，这些物质沉积在膜表面上会引起净水设备反渗透装置出力下降或脱盐率下降、压差升高，甚至对膜造成不可恢复的损伤，因此，为了恢复良好的透水和除盐性能，需要对膜进行化学清洗。
一般X～XX个月清洗一次，如果每个月不得不清洗一次，这说明应该改善预处理系统，调整运行参数。如果X～X个月就需要清洗一次，则需要对设备进行整体调整。